名称

项目要求

数量

单位

马氏珠母贝基因组测序分析合作研究开发项目

1．技术目标：

   开发马氏珠母贝基因组（大小约900Mb）精细图，达到如下指标：基因组覆盖度达到95%以上，基因区覆盖度达到98%以上，连续片段ContigN50长度达到20Kb以上，拼接片段ScaffoldN50长度达到300Kb以上；整体测序覆盖深度不低于200倍覆盖度。并对该基因组进行生物信息分析。

2．技术内容：

   乙方将完成马氏珠母贝的基因组测序，达到精细图指标，对马氏珠母贝基因组精细图进行下列生物信息学分析：基因组注释，比较基因组及进化分析。

3．技术方法和路线：

采用全基因组鸟枪法（WGS）结合BAC to BAC测序策略：采用Illumina测序测序技术，根据马氏珠母贝基因组组分的具体特点，搭配0.5K至40K不同长度的DNA插入片段进行双末端测序，不同长度的DNA片段双末端测序将跨过更多不同长度和相似度的重复序列。根据目前的测序技术条件以及基因组的特点搭配不同DNA长度的组合。通过对单碱基的高深度重复测序，使单碱基的质量大大提高。BAC to BAC测序策略，构建一个约10倍于马氏珠母贝基因组覆盖的BAC文库并保存，挑选出约4～6×覆盖度的BAC克隆，对每个BAC克隆进行高通量测序，测得的BAC平均测序覆盖度不低于50倍。

全基因组组装及分析，利用SOAP系列软件进行马氏珠母贝基因组组装及分析。根据BAC之间的Overlap结合WGS测序的Pair-end关系，构建马氏珠母贝基因组组草图。利用BAC和WGS数据草图进行延伸和补洞，整体测序深度达到200×以上，从而得到高质量的基因组图谱。

为了确保该项目按时顺利完成，要求项目服务商：（1）具有国际基因组测序项目合作经验，或不少于五个动植物基因组测序项目成功的案例；（2）具有完成复杂基因组测序、组装及分析经验的案例。

4．甲乙双方分工承担如下工作：

（甲方：广东海洋大学；乙方：服务商）

甲方 ：

（1）提供马氏珠母贝基因组相关技术资料。提供合格足量的马氏珠母贝。

（2）研究开发期限为2年。

（3）研究开发地点为广东海洋大学。

乙方：

（1）对甲方提供的马氏珠母贝组织样品进行DNA提取并检测，检测合格后根据制定方案，采用Illumina测序技术进行大规模测序，完成测序后对数据进行生物信息分析工作。

①基因组DNA样品、BAC文库构建样品检测合格后3个月内，完成马氏珠母贝基因组WGS测序，其中基因组de novo测序的测序深度不低于50X，并完成BAC文库的构建。

②BAC建库样品和基因组样品检测合格后10个月内完成马氏珠母贝基因组BAC文库测序、基因组精细图的基因组组装工作，完成基因组相关的生物信息学分析，达到第一条款中的技术指标，向甲乙方提交结题报告。

③向甲乙方提交测序原始序列数据及所有组装结果和生物信息分析结果。

（2）研究开发期限：2年。

（3）研究开发地点：乙方所在地。

④根据设计方案要求，为了保证项目的精度和进度，需提供三台以上Illumina测序仪作对比测试。

5．按如下方式提供或支付本合同项目的研究开发经费及其它投资：

（1）甲方支付研究开发经费和报酬预算总额人民币伍佰万元整（￥5,000,000.00元）。主要用于对样品DNA进行检测，样品制备，大规模上机测序，对海量测序数据进行基本数据处理（Base-calling、去污染、去载体）和相应信息分析。

（2）乙方提供匹配项目相应的平台支持和技术支持。

6．以提供技术为投资的合作方应保证其所提供技术不侵犯任何第三人的合法权益。

7．在本项目执行过程中，未经其他合作方同意，合作双方不得将本合同项目部分或全部研究开发工作转让给其他人承担。

8．一方发现技术障碍并有可能致使研究开发失败或部分失败的情形时，应当在5个工作日内通知其他合作方并采取适当措施减少损失。逾期未通知并未采取适当措施而致使损失扩大的，应当就扩大的损失承担赔偿责任。

9．在本项目执行过程中，因作为研究开发为目的的技术或者成果已经由他人公开（包括以专利权方式公开），双方可协商后终止项目，甲方可按照乙方实际已完成的工作量支付乙方研发费用。

10．开展本项目应遵守的保密义务如下：

（1）保密内容（包括技术信息和经营信息）：该项目原始资料、样品、技术路线、实验报告及与实验有关的资料结果、相关技术成本及涉及双方机密资料等。

（2）涉密人员范围：全部参与该项目人员。

（3）保密期限：自项目合同生效起1年。

（4）泄密责任：因资料泄露对合作双方造成的损失全部由泄密方承担。

11．研究开发成果交付方式：乙方向甲方提供马氏珠母贝基因组测序全部数据，数据分析结果，项目结题报告。

12．因开展本项目所产生、并由合作各方分别独立完成的阶段性技术成果及其相关知识产权权利归属双方共同所有。双方共同享有论文署名、专利申请、未来开发等权利。

13．合作双方任何一方有权利用本项目研究开发所完成的技术成果进行后续改进。由此产生的具有实质性或创造性技术进步特征的新的技术成果，归各方所有。

14．合作双方因执行本项目而发生的争议，应协商、调解解决。协商、调解不成的，依法向合约履行地人民法院起诉。

15．与开展本项目合同有关的下列技术文件，经合作各方协商确认，为本项目合同的组成部分：

附件一《DNA样品信息表》；

附件二《DNA测序样品要求》；

附件三《构建BAC文库样品要求》；

附件四《标准生物信息学分析内容》；

附件五《×××基因样品返还规定》；

附件六《样品返还信息表》。

16．双方签订本项目合同并开始工作后，在条件允许下，甲方可选派2～3人到乙方所在地全程参与马氏珠母贝DNA提取、分析等工作。乙方为甲方派驻人员提供食宿以及工作方便。

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